Pour les enseignants de S.V.T. de classe de seconde


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Aborder la biodiversité dans la Grande Galerie de l’Évolution en classe de seconde
(animation virtuelle)

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Auteurs : Olivier Enderlin, Sophie Mouge et Jean-Claude Vasseur (enseignants SVT, MNHN)
Jérôme Ros (doctorat, MNHN)
avec l'aide de Guy Jarry et Nicolas Puillandre (post-doctorat, MNHN)
Scénarisation pédagogique : Carole Francq

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Extraits des instructions officielles impliquées dans cette ressource :

B.O. n°4 du 29 avril 2010 de la classe de 2nde générale :


La biodiversité, résultat et étape de l’évolution

  • Objectifs de connaissances :

« La biodiversité est à la fois la diversité des écosystèmes, la diversité des espèces et la diversité génétique au sein des espèces. […] La biodiversité se modifie au cours du temps sous l’effet de nombreux facteurs, dont l’activité humaine.»

  • Capacités et attitudes :

« Manipuler, extraire et organiser des informations, si possible sur le terrain, pour :
- Repérer les divers aspects de la biodiversité dans une situation donnée
- Mettre en évidence l’influence de l’Homme sur la biodiversité. »

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Introduction

L'animation virtuelle ci-dessous prend directement appui sur les collections de la grande galerie de l'évolution du Muséum, pour illustrer les différents niveaux de biodiversité et expliquer comment l'homme impacte son évolution.
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Anim Flash GGE

Cliquez sur l'image pour lancer l'animation. Le logiciel Flash Player est nécessaire à sa lecture.
L'animation flash ci-dessus est téléchargeable ici (dossier zip). Pour démarrer l'animation, il suffit de double-cliquer sur le fichier "index.html"

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Dans le 3ème onglet de cette visite "les individus d'une espèce", vous trouvez des différentes séquences géniques d'individus d'une même espèce. Nous vous proposons ci-dessous une démarche utilisée par les scientifiques du Muséum de Paris pour obtenir ce type de séquence et les comparer entre elles.

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Etape 1 : Marche à suivre pour avoir accès à des séquences géniques

Les listes de séquences géniques se trouvent dans les bases de données en line, telles que NCBI : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Comment utiliser ce site web :
  • En haut, au-dessus de la barre de recherche, choisir "nucleotide" dans le menu déroulant, puis indiquer le nom de l'espèce voulue dans la barre de recherche.
  • Vous accédez ainsi à une liste de séquences disponibles librement pour cette espèce. La plupart des séquences sont des séquences du coenzyme I (COI).
  • Cocher ensuite la (ou les – si vous souhaitez faire des comparaisons) séquence(s) qui vous intéresse(nt).
  • Afin de les exporter : choisir dans le menu déroulant en haut à droite :"Send to : File" puis choisissez le format FASTA dans le petit menu déroulant.

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Etape 2 : Marche à suivre pour comparer des séquences géniques entre elles

Télécharger le logiciel BIOEDIT : http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html
A l’aide de ce logiciel BIOEDIT, ouvrir les fichiers « .fasta » préalablement téléchargés du site http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (étape 1) : les séquences de nucléotides apparaissent mais ne sont point alignées.

Pour aligner les séquences de nucléotides :
> Cliquer sur l’onglet : « Accessory application »
> Puis : « CustalW mutliple alignment »
> Puis valider par défaut « Run ClustalW »
> Une nouvelle fenêtre s’ouvre alors avec les séquences alignées les unes sur les autres.
Pour faire apparaître les différences de nucléotides dans les séquences : plotting
Dans la barre d’outils, cliquer sur la fonction « View conservation by plotting identities to a standard as a dot » (ce qui signifie que les nucléotides identiques à la séquence du haut sont représentés par un point)

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Modifié le: vendredi 28 septembre 2018, 12:28